Usagi
Herramienta de código abierto de OHDSI que facilita el mapeo semiautomático de códigos y términos clínicos locales a los vocabularios estándar del modelo OMOP CDM, utilizando algoritmos de similitud textual para sugerir correspondencias con conceptos SNOMED-CT, LOINC y RxNorm.
Descripción detallada
Usagi es una aplicación de escritorio desarrollada por OHDSI que asiste en el proceso de mapeo semántico de vocabularios locales a los vocabularios estándar de OMOP CDM. Cuando un centro hospitalario utiliza codificaciones propias o terminologías no estándar, Usagi permite importar el catálogo local y buscar correspondencias automáticas en los vocabularios de OHDSI (SNOMED-CT, LOINC, RxNorm, entre otros).
La herramienta emplea algoritmos de coincidencia textual que sugieren los conceptos estándar más probables para cada término fuente, clasificando las sugerencias por puntuación de similitud. El usuario experto revisa cada sugerencia, la aprueba o la corrige manualmente, generando un fichero de mapeo que se integra directamente en los pipelines ETL. Este enfoque semiautomático equilibra la eficiencia del procesamiento masivo con la precisión del criterio clínico humano.
Usagi se complementa con White Rabbit (para el perfilado de datos fuente) y con Achilles/DQD (para la validación posterior), formando un flujo de trabajo completo dentro del ecosistema de herramientas OHDSI.
Aplicación en investigación clínica
En el contexto español, Usagi resulta especialmente útil para mapear los códigos CIE-10-ES, el nomenclátor nacional de medicamentos y los catálogos de laboratorio de los hospitales del SNS hacia los vocabularios estándar de OMOP CDM. Este mapeo semántico es el paso más crítico y que más experiencia clínica requiere en cualquier proyecto de transformación de datos del mundo real.
¿Cómo puede ayudar Tiviztech?
Tiviztech cuenta con experiencia en el uso de Usagi para el mapeo de vocabularios clínicos españoles a los estándares OMOP, combinando conocimiento técnico y clínico para garantizar mapeos de alta calidad. Contacte con nuestro equipo para armonizar sus catálogos locales.